مرکز تحقیقات محیط کار ماموریت خود را در دو محور اصلی پژوهش و آموزش تعریف کرده است. این مرکز در محور پژوهش سعی خواهد کرد تا با انجام تحقیقات دقیق در شناخت بهتر عوامل فیزیکی، شیمیایی، اقتصادی، اجتماعی و بیولوژی موثر بر سلامت جامعه، محیط های کاری و محیط زیست نقشی موثر داشته باشد. علاوه براین، این مرکز سعی خواهد کرد تا با ارائه راهکار های علمی مناسب در خصوص حفاظت و ارتقاء شاخص های سلامت جامعه، محیط های کاری و محیط زیست به تعهدات خود عمل نمایید. همچنین مهمترین هدف مرکز در محور آموزش شامل ارتقاء سطح آگاهی و دانش کلیه افراد جامعه، به خصوص شاغلین و مسئولین مرتبط با امر سلامت در مورد وضعیت سلامت و آسیب های محیط های کاری می باشد. همچنین این مرکز سعی می کند تا به با ارائه راهکارهای و آموزش های مناسب در بهبود سلامت جامعه و محیط های کاری نقش موثری ایفا کند.